中医健康管理师证发证机构主要由卫生健康委员会、中医药管理局、人力资源社会保障部等相关部门负责，卫生健康委员会主要负责中医健康管理师的职业资格认定工作，包括考试、培训、证书颁发等；中医药管理局则主要负责对中医健康管理师的专业技能进行评估和认证，确保其具备一定的专业知识和实践能力；人力资源社会保障部则负责对中医健康管理师的职业发展提供支持和指导，包括职业培训、职称评定等。
各级中医药行业协会、中医药院校、中医药企业等也承担着中医健康管理师证发证工作的一部分职责，中国中医学会、中华中医药学会等行业协会组织定期举办中医健康管理师培训课程，提高学员的专业素养；中医药院校则负责培养专业的中医健康管理师人才；中医药企业则通过与培训机构合作，为员工提供专业培训和技能提升的机会。
在发证过程中，各发证机构都会遵循严格的程序和标准，确保中医健康管理师证的权威性和公信力，申请人需要参加由卫生健康委员会组织的中医健康管理师资格考试，取得合格成绩后方可报名参加培训，培训结束后，学员需参加由中医药管理局组织的中医健康管理师专业技能考核，考核合格后方可获得证书，此后，中医健康管理师还需要定期参加职业培训和职称评定，以保持自己的专业水平和竞争力。
中医健康管理师证发证机构涉及多个部门和机构，共同构成了一个完善的管理体系，在这个体系下，中医健康管理师能够得到充分的专业培训和技能提升，为广大人民群众提供优质的中医健康服务，政府部门和相关机构也在不断加强对中医健康管理师行业的监管和指导，以促进行业的健康发展。
